印度尼西亞政府 （印尼語：Pemerintah Indonesia） 由三部分組成：行政部門、立法部門和司法部門。

自由民主時代（1950-1959）

自由民主時代（印尼語：Demokrasi Liberal）在1950年印尼聯邦共和國解體後開始，並在1959年因戒嚴令實施及首任總統蘇卡諾（Sukarno）宣佈進入指導民主後終結。這段時間發生了許多重要政治事件，包括1955年萬隆會議，印尼首次全國大選，以及長期的政治動盪。

「指導民主」時代

指導民主（印尼語：Demokrasi Terpimpin）是印尼在1959年開始的政治制度，直至1966年新秩序時代的開始。指導民主是蘇卡諾總統試圖實現政治穩定的嘗試。他認為西方式的民主制度不適合印尼的情況，取而代之的是一個建基於村民長老的指導，以及傳統的村民討論協商的政治制度。

過渡到「新秩序」

1960年代中期，印尼向「新秩序」過渡，走進該國近代史上最動盪的時期之一。蘇卡諾下台，結束其22年的任期。第二任總統蘇哈托 （Suharto）上台，開始了他的的31年任期。

蘇卡諾在執政時依賴平衡印尼軍方及印尼共產黨（PKI）之間的對立來維持權力。然而，到1965年，印共已經滲透到各級政府，打破了長久以來的平衡。

1965年9月30日，六名印尼軍方的最高統帥被9月30日運動 （軍隊內的一個團體）殺害。在幾個小時內，蘇哈托少將動員了服從其命令的部隊控制了雅加達。反共份子與軍隊合作，向全國各地的左翼份子大開殺戒，估計造成約50萬人喪生。印尼共產黨在肅清過程中被摧毀，壓制了共產主義勢力在印尼的蔓延。

權力被大幅削弱的蘇卡諾被迫將重要的政治及軍事權力轉交給已成為軍方首腦的蘇哈托。1967年3月，印尼國會任命蘇哈托為代理總統。一年後，他被正式任命為總統。蘇卡諾一直被軟禁，指導1970年去世為止。與推行左傾政策的蘇卡諾相反，蘇哈托選擇了親西方的「新秩序」路線，但繼續奉行行蘇卡諾提出的建國五項原則（Pancasila）。

資料來源：維基百科 -印度尼西亞政府