史前時期

由化石及使用工具顯示直立人約在150萬至3.5萬年前生活於印度尼西亞群島，稱之為爪哇猿人。智人約於4.5萬年前進入該地區。於2011年在鄰國東帝汶發現遺跡，推測在4.2萬年前當地居民及有高超的航海技術；由於發現捕捉及食用大量深海魚如鮪魚，可能具備跨海至澳大利亞或其他島嶼的技術]。

南島民族約於西元前2000年移入印度尼西亞，構成現代多數印度尼西亞人，且遍布於群島，侷限了美拉尼西亞人分布範圍，美拉尼西亞人僅分布在印度尼西亞東部。最早於西元前八世紀具備理想的農業環境及掌握水田種稻，促使村莊、城鎮、及小型王國於西元1世紀興起。印度尼西亞航道的戰略重要性促進了島嶼間及國際貿易，包括於西元前數世紀時即建立與印度及中國間的貿易關係，貿易也在印度尼西亞歷史上具有重要地位

古代社會

早在前2世紀後半期，在印尼出現了最早的奴隸制國家葉調。公元三至七世紀，出現了古泰、達魯馬、耶婆提、干陀利、馬打蘭王國、夏連特拉王國等分散的小王國，這些王國主要受印度文化影響，信仰印度教或佛教。

7世紀至11世紀，大國室利佛逝（宋代以後稱「三佛齊」）崛起，三佛齊信仰佛教，使用梵語，同中國極為友好，使者商旅不絕於途。

13世紀末14世紀初，在爪哇建立了印尼歷史上最強大的滿者伯夷。

隨後，阿拉伯人帶來了伊斯蘭教，逐漸成為今日印度尼西亞的主要宗教。當時，印尼境內分布著很多小王國和部落。

十六世紀，印尼被殖民統治前夕，以伊斯蘭教為國教的馬打蘭蘇丹國統治爪哇島。

殖民地時期

到了16世紀，歐洲人抵達印尼，發現了這些小國。一些歐洲強國開始建立殖民地，荷蘭變成了這些歐洲國家裡面占領最多領土的國家。荷蘭最初通過荷蘭東印度公司對這些地區實行殖民統治。1799年東印度公司解散後殖民地被荷蘭政府接管，史稱荷屬東印度。

第一次世界大戰完結之後，當地人開始爭取自治。到了第二次世界大戰，當荷蘭本土被德國完全佔領後，荷蘭宣佈終止與當時最大貿易夥伴日本的貿易，觸發日本對印尼的侵略行動。這可以說是印尼得以獨立的原因。日本投降的消息傳到印尼之後，蘇加諾立即在之後一日發表印尼獨立宣言

資料來源：維基百科 - 印度尼西亞歷史