最晚在六萬七千年前的舊石器時代中晚期，已經有人類在菲律賓羣島聚居。科學家於2007年、2011年和2015年在呂宋島北部的卡亞俄洞穴發現了一系列古人類化石，其中最早的樣品的年代為6.7萬年前。學者認為，這些化石屬於一個古人類物種呂宋人。[1][2]

尼格利陀人是早期的定居者，但是他們在菲律賓出現的時間還沒有確切定論。

至約公元前1000年，菲律賓定居者可以分為四個較為明顯的族群，包含狩獵採集者，戰士社會，港口族群。

中國史籍中所提及的呂宋、蘇祿、麻逸、古麻剌朗等國皆於今日菲律賓國內。在菲律賓當地，考古發掘甚至發現有日期在3世紀的中國瓷器。 226年（東吳黃武五年），東吳官員宣化從事朱應、中郎康泰浮海巡撫，也曾到過今天菲律賓境內的臣延、耽蘭和杜薄。康泰著有《吳時外國記》（《扶南傳》）。裴松之注《三國志》與《晉書》中也有提及。

在南印度帕拉瓦王朝以及北印度笈多王朝時期，印度文化傳至東南亞以及菲律賓群島。印度化王國建立。

湯都，中國古代又稱「東都」，是菲律賓在西班牙人殖民前呂宋島最主要的政權，位於巴石河三角洲，靠近馬尼拉灣。王國成立於約公元900年，由一些巴朗蓋組成，由世襲的拉肯和達圖統治。這王國位於海上絲綢之路路線最北端，依靠與中國貿易帶來財富，並把中國商品轉手整個群島的其餘地區。在與汶萊帝國蘇丹博基爾亞的聯盟期間，湯都王國進一步達到頂峰。大約在1500年左右，這個王國達到群島最北部。

中國唐時期，漢族商人就與菲律賓各地有貿易往來。宋時期，漢族、真臘、安南、泰國、馬六甲、印度、阿拉伯商船等開始在此海域航行。元時期，阿拉伯商船往來於中國途中，經過此地，達到頂峰。

13世紀來自蘇門答臘的米南加保人逐漸移民到菲律賓，1390年他們建立了蘇祿蘇丹國。 1405年（明永樂三年），鄭和下西洋，巡蒞菲律賓群島（南琉球群島），奉明成祖詔書封許柴佬（今福建晉江深滬運伙人）為呂宋總督，統攬該國軍、政、財、文大權。任職直到永樂二十二年（1424年），達20年之久。 中國明朝永樂十五年（1417年），蘇祿王朝貢，回程路上病死於山東德州，明王朝敕建蘇祿王墓。

1450年，出生在馬來西亞柔佛的阿拉伯商人賽義德·艾布伯克爾在菲律賓建立了伊斯蘭政權。穆斯林阿訇們以此為基地，開始向周圍傳播伊斯蘭教，在其鼎盛時期，影響力一直延伸到巴西蘭島、巴拉望島、三寶顏的南部海岸地區和婆羅洲，並向棉蘭老島延伸。

阿拉伯人在此生活了兩三百年以後，菲律賓迎來了荷蘭人。殖民者們用西方的眼光給他們看到的一切重新定義，西班牙人不知道他們是阿拉伯人，不明白為什麼在典型的馬來人種地區會有這些高鼻深目體形高大的人，就用雅典時代的蠻族摩爾人給他們命名，他們生活的地方，也逐漸的變成現在的發音：摩洛，意思是摩爾人的土地。

資料來源：維基百科 -菲律賓歷史